Wie es zu diesem Namen kam, darüber gibt es zwei Deutungen, die beide dem Wappenschild des Stadtsiegels entnommen sind. Das älteste Stadtsiegel aus dem Jahre 1273 trägt nämlich als Bild das "Waldshuter Männle", das uns entgegentritt in der Gestalt eines Wälders mit einem Stab in der Hand und dem ein großer Hut an den Riemen über die Schulter hängt.
Die eine Namensdeutung geht nun dahin, dass man sagt, die Gründer der Stadt seien in Verlegenheit gewesen, wie sie dieselbe nennen sollten und hätten für die beste Bezeichnung einen Preis von zehn Goldgulden ausgesetzt. Ein Bäuerlein vom Walde habe den Preis dadurch errungen, dass es das Geld , mit seinen schlauen Äugelein froh zwinkernd, in seinen Hut strich mit den Worten: "Ich streich das Geld in meinen Hut, die Stadt soll heißen Waldishut." Das ist eine schöne Sage. Das Waldshuter Männle im Stadtwappen, so sagt die andere Deutung, muss anders erklärt werden. Das Waldshuter Männle stellt einen Wälder dar, der mit dem Stock in der Hand in die neugegründete Stadt geht, um sich dort anzusiedeln. Es ist ein Leibeigener, ein Unfreier, Höriger eines Herrn. In der Stadt hofft er zum Wohlstand zu kommen und zur Freiheit zu gelangen gemäß dem Wort: "Stadtluft macht frei." Solche Unfreie zahlten wohl noch einige Zeit ihre Fälle, dann aber kauften sie sich los, wenn sie von ihrem Herrn zurückgefordert wurden; wurden sie nicht zurückgefordert , galten sie sowieso nach einem Jahr frei. Zum Zeichen, dass sie jetzt Freie waren, ließen sie die Haare wachsen und hängten sich den Bürgerhut um; Unfreie trugen nur eine Kappe. Der Geldbeutel im Stadtsiegel kann die Loskaufsumme aus der Leibeigenschaft oder auch den Einkauf in das Bürgerrecht bedeuten.
Diese letztere Namensdeutung der Stadt kommt der Wahrheit viel näher. Nur eines ist bei dieser Deutung seltsam: das Waldshuter Männle hat in den ältesten Stadtsiegeln keinen Geldbeutel aufzuweisen. Die Abbildung des Männleins mit einem Geldbeutel stammt erst aus einer späteren Zeit. Dies ist damit zu erklären, dass hier eine falsche Auffassung der Gebärde des Männleins, wie es in den ältesten Abbildungen vorkommt, vorliegen muss, indem es nämlich nicht das zusammengehaltene Ende eines Geldbeutels in seiner Linken hält, sondern die Enden der Hutbänder.